Durante 2025, la Contraloría General de la República realizó 40 actuaciones de control fiscal sobre los recursos del Programa de Alimentación Escolar (PAE) provenientes del Presupuesto General de la Nación, territoriales y regalías, detectando presuntos hallazgos fiscales por un total de $53.117 millones.

Las auditorías de cumplimiento abarcaron 68 Entidades Territoriales Certificadas, representando más del 90% de los recursos del PAE y el 70% de las ETC, identificándose 41 hallazgos con posible incidencia fiscal por $24.254 millones. Las principales causas de estos hallazgos fueron sobrecostos ($18.106 millones, 75%), pagos sin soportes ($2.790 millones, 12%), problemas en la ejecución contractual ($2.706 millones, 11%) e incumplimiento de lineamientos del programa ($649 millones, 3%).

La región Centro Oriente presentó la situación más crítica, con nueve hallazgos por $12.363 millones. En Soacha (Cundinamarca) se registró el hallazgo de mayor cuantía, por $3.550 millones, relacionado con valores incluidos en la estructura de costos que excedieron lo efectivamente ejecutado por el contratista.

En Boyacá, la revisión de los convenios de cofinanciación del PAE mostró diferencias por $2.010 millones entre los pagos realizados a manipuladoras de alimentos y los valores efectivamente ejecutados.

Respecto a los recursos del Sistema General de Regalías, la Contraloría reportó cinco hallazgos por $28.863 millones en Nariño, Quindío, Meta y Arauca (vigencias 2021-2024). El hallazgo más relevante correspondió a Nariño, por $23.549 millones, por incumplimientos en el Anexo Técnico de Alimentación Saludable y Sostenible del PAE. En Arauca se detectaron pagos sin soportes suficientes, por $3.111 millones, junto con deficiencias en interventoría y supervisión.

Para 2026, el inicio del PAE en 12 Entidades Territoriales Certificadas no coincide con el comienzo del calendario escolar, afectando a cerca de 800.000 estudiantes. Entre las ETC con retrasos se encuentran Magdalena, Cesar, Huila, Valledupar, Chocó, Quibdó, Palmira, Armenia, Facatativá, Yopal, Pitalito y Buenaventura.

La Contraloría hizo un llamado a las entidades territoriales y al gobierno nacional para corregir estas irregularidades y garantizar la cobertura oportuna del PAE, que aún no alcanza a cerca de 1,2 millones de niños en todo el país.